Hansa Ulricha i Joannę różniło wiele rzeczy – on raczej niemajętny (rodową fortunę odziedziczył stryj), z historycznej arystokracji i koligacjami z europejskimi dynastiami, a ona córka służącej, ale za to bardzo bogata, niedawno nobilitowana. Choć mariaż był planowany, to okazał się udany. Zaraz po uroczystości zaślubin małżonkowie zamieszkali w willi Schefflera przy obecnej ulicy Ogrodowej we Wrocławiu, a następnie przeprowadzili się do domu przy obecnej ulicy Świdnickiej (1860 r.). W 1859 roku prawni opiekunowie Joanny zakupili dla małżonków majątki w Kopicach, Chudowie i Paniowach. Ośrodkiem posiadłości Schaffgotschów został pałac w Kopicach – jedna z najwspanialszych rezydencji na Śląsku w połowie XIX wieku. W 1865 Joannę uznano za pełnoletnią, a tym samym zdobyła ona prawo do dysponowania swoim majątkiem, co czyniła z wielkim sukcesem (jej mąż utrzymywał się z posagu).
Joanna urodziła czworo dzieci: Hansa Karla (1859–1917), Clarę Hedwigę (1860–1930), Elisabeth (1862–1952) i Eleonorę (1864–1939).
W 1864 Joannę nominowano na damę honorową bawarskiego Orderu Teresy.