Następnie była kurierką w oddziale Michała Mareckiego, który działał w okolicach Czerniejewa. 24 stycznia 1864 Marecki się jej oświadczył. Następnego dnia oddział rosyjski napadł na dwór w Suchym Lipiu, w którym stacjonował Marecki. Został postrzelony, zdążył jednak oddać Kwiatkowskiej dokumenty. W trakcie rewizji, którą przeprowadzono po pogrzebie zabitych i spalonych przez Rosjan powstańców, Kwiatkowska została aresztowana przez kozaków. Odesłano ją do Zamościa. Na przesłuchaniach nie wydała nikogo.
Po okresie spędzonym w trudnych warunkach została przeniesiona do tzw. celi oficerskiej. W sąsiedniej cieli siedziała Aniela Kozłowska. Kwiatkowska przebywała w więzieniu w Zamościu przez 1,5 roku. Została uznana za niebezpieczną polską buntowniczkę. Następnie przewieziono ją do X Pawilonu Cytadeli Warszawskiej. Później pod eskortą rosyjskiego wojska odesłano ją do granicy Wielkiego Księstwa Poznańskiego. Przez jakiś czas mieszkała w Toruniu, potem w Poznaniu i Dubinie, gdzie zaopiekował się nią ks. Kleiner. Po ustaniu represji wobec uczestniczących w powstaniu wróciła w Lubelskie.