W czasie I i II wojny czeczeńskiej zajmował antywojenne stanowisko, uznając, że działania armii rosyjskiej na terenie Czeczenii są nielegalne.
W 2002 wspólnie z Władimirem Gołowiowem, Wiktorem Pochmelkinem i Borisem Bieriezowskim założył partię Liberalna Rosja. W 2002 został wiceprzewodniczącym komisji badającej serię zamachów bombowych w Rosji, które miały stanowić pretekst do rozpoczęcia wojny w Czeczenii. W marcu 2002 oskarżył rosyjskie służby specjalne o organizowanie zamachów bombowych, czego dowodem miał być film dokumentalny rozpowszechniany w tysiącach kopii na terenie Rosji.
W 2003 Juszenkow zaangażował się w śledztwo zmierzające do wyjaśnienia roli, którą odegrała Federalna Służba Bezpieczeństwa w czasie ataku terrorystycznego na teatr na Dubrowce, a zwłaszcza obecności na miejscu wydarzeń agenta FSB Chanpasza Terikbajewa. Materiały ze śledztwa Juszenkow przekazał znanej dziennikarce Annie Politkowskiej, ale wkrótce Terikbajew zginął w wypadku samochodowym.