Około 200 osób zamordowano na miejscu, do niemieckiego obozu zagłady w Bełżcu wysłano wówczas 1260 Żydów. W mieście pozostało około 1900 Żydów.
Getto w Bóbrce zostało utworzone 1 grudnia 1942 roku. 8 grudnia 1942 roku przeprowadzono deportację część mieszkańców do Bełżca, część zginęła na miejscu. Zamordowano wszystkich żydowskich lekarzy. Do likwidacji getta ok. 300 osób zmarło z głodu i na skutek chorób.
Likwidacja getta nastąpiła 13 kwietnia 1943 roku. Przeprowadziły ją oddziały policji bezpieczeństwa ze Lwowa, żandarmerii niemieckiej z Bóbrki oraz miejscowej policji ukraińskiej. Koło wsi Wołowe rozstrzelano wówczas 1070 Żydów z Bóbrki. Spalono także szpital żydowski z 50 pacjentami. Niewielką grupę zdolnych do pracy Żydów wysłano do Obozu Janowskiego we Lwowie. Kilkaset osób zdołało zbiec z miejsca egzekucji, jednak prawie wszyscy zostali wyłapani i zamordowani. Po 1944 roku do Bóbrki powróciło ok. 40 Żydów.
Wojnę przetrwała tzw. Wielka Synagoga. Obiekt położony jest w centralnej części miasta, na północ od miejskiego rynku i pozostaje w ruinie.