W 1741 roku otrzymał nominację na rabina Metzu, ale będąc jeszcze pod panowaniem austriackim rozpoczął współpracę z wojskami francuskimi okupującymi Pragę. Został uznany za zdrajcę stanu i cesarzowa Maria Teresa skazała go na dożywotnie wygnanie. Objął stanowisko rabina w Metzu, a w 1750 roku – rabina połączonych gmin Hamburga, Altony i Wandsbeku, gdzie popadł w ostry konflikt z innym kandydatem, Jakubem Emdenem, który uważał, że Eybeschütz jako heretyk nie powinien w żadnym wypadku sprawować urzędu religijnego. Oskarżony o kryptosabataizm Eibeschütz wyjechał do Amsterdamu, Przynależność Eibeschütza do ruchu sabataistycznego została dowiedziona, nadal jednak jest uważany za wybitnego przedstawiciela judaizmu rabinicznego.
By ostatecznie zakończyć konflikt z Jakubem Emdenem, Jonathan Eybeschutz wniósł sprawę przed Sejm Czterech Ziem, który zwołał się w tym celu w Jarosławiu w 1753 roku. Ugruntowana została wówczas niewinność Jonatana, a spór, który spowodował wiele rozłamów w społecznościach żydowskich dobiegł końca.
Ukazało się trzydzieści jego prac z zakresu halachy.