W 1764 powstała Trójca Święta ze świętymi Franciszkiem i Leopoldem dla franciszkanów w San Candido. W 1767 roku powstało Przemienienie zamówione przez księcia-biskupa Leopolda von Spaura dla katedry w Bressanone. W 1772 Unterperger wraz z bratem Ignazem pracował przy restauracji fresków w watykańskim Museo Clementino. Jest też autorem Alegorii czterech pór roku na sklepieniu jednej z muzealnych sal. Dołączył do Akademii Świętego Łukasza. Wraz z Mengsem dekorował Salę Papirusów w Bibliotece Watykańskiej. W 1773 roku Unterperger namalował Męczeństwo św. Agnieszki dla katedry w Bressanone. W listopadzie 1773 roku został przyjęty do Arcybractwa Santa Maria della Pietà przy zakonie krzyżackim. W latach osiemdziesiątych Unterperger otrzymywał liczne zamówienia z terenu Państwa Kościelnego. Powstały w tym okresie: Ustanowienie Eucharystii dla katedry w Jesi (1782), Madonna z Dzieciątkiem i św. Julianem dla katedry w Maceracie (1786), Św. Poncjan oszczędzony od lwów dla katedry w Spoleto (1787), Męczeństwo św. Andrzeja dla katedry w Subiaco (1788), Wniebowzięcia dla chóru kolegiaty w Gallese (1788).