W latach 1921–1923 był słuchaczem II Kursu Normalnego Wyższej Szkoły Wojennej w Warszawie. 3 maja 1922 roku został zweryfikowany w stopniu kapitana ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku i 739. lokatą w korpusie oficerów piechoty, a jego oddziałem macierzystym był 2 pułk Strzelców Podhalańskich. Z dniem 1 października 1923 roku, po ukończeniu kursu i otrzymaniu dyplomu naukowego oficera Sztabu Generalnego przydzielony został do Oddziału Wyszkolenia Sztabu Dowództwa Okręgu Korpusu Nr X w Przemyślu, pozostając oficerem nadetatowym 2 pułku Strzelców Podhalańskich. 1 grudnia 1924 roku został mianowany majorem ze starszeństwem z dniem 15 sierpnia 1924 roku i 223. lokatą w korpusie oficerów piechoty. 26 kwietnia 1928 roku został przydzielony do 22 Dywizji Piechoty Górskiej w Przemyślu na stanowisko szefa sztabu. W czerwcu 1930 roku został przeniesiony do Oddziału IV Sztabu Głównego w Warszawie.
Jako przybranemu synowi Kazimiery wzgl. Katarzyny Dydyńskiej uchwałą Sądu Grodzkiego w Sanoku z dnia 28 lipca 1931 sprostowano jego nazwisko rodowe z Pajączkowski na Pajączkowski-DydyńskiDziennik Personalny M.S.Wojsk. Nr 6 z 23.03.1932 r.. Kazimiera Dydyńska była wnuczką Wincentego Morze i córką Edmunda Dydyńskiego.