Etymologia nazwy Nazwa wsi pochodzi od przezwiska Pinka lub od określenia pieniek, z gwarową wymową pinek. Najprawdopodobniej pierwotnie nazwa wsi brzmiała Pieńki, gwarowo Pinki i stopniowo zmieniała się w Pinczyn. Być może nazwa ma związek z nazwą rzeczki Piesienicy, od której miało powstać nazwisko Pyszyński. Mieszkańcy wywodzą nazwę wsi od połączenia dwóch zniekształconych słów: „piencz (pincz w znaczeniu pięć) synów”.
Historia wsi Od 2 listopada 1906 r. do 26 IV 1907 r. w szkole elementarnej w Pinczynie miał miejsce strajk dzieci przeciwko nauczaniu religii w języku niemieckim. W strajku wzięły udział następujące dzieci: A. Zadurski, M. Zimmermann, M. Piotrowski, R. Smukała, T. i A. Wołoszykowie, W. Kwaśniewski, R. Ciecholewska, M. Kozłowska, E. i M. Piesikówny, J. Urban, L. i M. Rozkwitalscy, A. Nowicka, C. Belczewski. Strajk był elementem znacznie większej akcji biernego oporu wobec pruskich władz szkolnych, która na przełomie 1906 i 1907 r. objęła ponad 460 (!) szkół w prowincji Prusy Zachodnie, obejmującej Pomorze Gdańskie, ziemię chełmińską i ziemię lubawską. Inspiracją dla strajków pomorskich były wcześniejsze działania dzieci w prowincji wielkopolskiej, ze słynnym strajkiem we Wrześni (1901) na czeleL. Burzyńska-Wentland, Strajki szkolne w Prusach Zachodnich w latach 1906-1907, Gdańsk 2009, s.