Wniosek został zaakceptowany i zarządzeniem nr 232 ministra z 17 października 1991 roku nastąpił podział firmy na trzy niezależne przedsiębiorstwa państwowe: Przedsiębiorstwo Połowów Dalekomorskich i Usług Rybackich „Gryf”, Przedsiębiorstwo Przemysłu Spożywczego „Gryfryb” i Przedsiębiorstwo Produkcyjno-Usługowe „Port Rybacki Gryf”. W nowej strukturze organizacyjnej i własnościowej PPDiUR „Gryf” rozpoczął działalność w 1992 roku, jednak pogłębiające się trudności z dostępem do wydajnych łowisk, coraz niższa rentowność działalności połowowej na bardzo odległych od portów krajowych łowiskach i ciągle rosnące koszty zakupu licencji połowowych oraz wzrastający coraz bardziej koszt utrzymania w gotowości technicznej starzejących się statków rybackich, jak i trudności na rynku krajowym z uzyskaniem kredytów obrotowych spowodowało skumulowanie się trudności ekonomicznych do tego stopnia, że w 2000 roku firma utraciła płynność finansową i dyrekcja z poparciem Rady Pracowniczej złożyła wniosek do organu założycielskiego o postawienie PPDiUR „Gryf” w stan likwidacji. Proces likwidacji trwał do około 2004 roku, gdyż były duże trudności ze zbyciem statków.