Innym widocznym objawem porażenia roślin jest ich karłowatość.
Zazwyczaj najwcześniej zainfekowane zostają rośliny na obrzeżach pól, gdzie przenoszące go zpeciele migrują z obszarów trawiastych i sąsiadujących upraw. Pola pszenicy zakażone wirusem mozaiki smug pszenicy wykazują żółknięcie i karłowatość na nieregularnych obszarach, często na obrzeżach pól lub w pobliżu chwastów. W miarę upływu sezonu infekcja może się rozprzestrzeniać, a objawy mogą pojawić się na polu. Szpeciele szczególnie kolonizują pszenicę samosiewną wyrosłą z nasion wyrzuconych przez grad lub ulewny deszcz. Takie silnie porażone pola stają się źródłem infekcji wtórnych. Na polach silnie porażonej pszenicy z samosiewu objawy niekoniecznie muszą wystąpić na obrzeżach pola, ale mogą być rozproszone po całym polu wokół kęp samosiewnej pszenicy.