W 2011 wstąpił do Platformy Obywatelskiej. W 2013 w przedterminowych wyborach (po referendum, na skutek którego odwołani zostali prezydent Elbląga Grzegorz Nowaczyk i rada miejska) uzyskał po raz pierwszy mandat radnego Elbląga. W 2014 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję. W wyborach samorządowych w 2018 bezskutecznie ubiegał się o urząd prezydenta Elbląga, zdobywając 8473 głosy (19,32%). Wszedł natomiast ponownie w skład rady miejskiej. Został po tych wyborach przewodniczącym klubu radnych Koalicji Obywatelskiej oraz wiceprzewodniczącym rady miejskiej. W 2020 prezydent Witold Wróblewski powołał go na stanowisko swojego zastępcy. W 2021 Michał Missan został nowym przewodniczącym lokalnych struktur Platformy Obywatelskiej w Elblągu, zastępując ustępującego z tej funkcji senatora Jerzego Wcisłę.
W styczniu 2024 ogłosił start w wyborach na prezydenta Elbląga w tym samym roku. Jego kandydaturę poparł nieubiegający się o reelekcję Witold Wróblewski. W marcu 2024 zrezygnował z funkcji wiceprezydenta miasta. W pierwszej turze wyborów dostał 17 146 głosów (44,36%), zajmując 1. miejsce spośród 5 kandydatów i przechodząc do drugiej tury razem z kandydatem PiS Andrzejem Śliwką. Uzyskał również ponownie mandat radnego, z którego zrezygnował.