Historia Urząd Federalny powstał w 2002 roku w wyniku połączenia różnych jednostek specjalnych Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, a przede wszystkim dawnej policji państwowej. Nastąpiło to w odpowiedzi na rosnące zagrożenie bezpieczeństwa publicznego, jakie stanowi międzynarodowy terroryzm. W obliczu wydarzeń, które miały miejsce po atakach terrorystycznych z 11 września 2001 roku, minister spraw wewnętrznych Ernst Strasser wydał polecenie restrukturyzacji austriackiego systemu walki z terroryzmem.
Początkowo dyrektorem urzędu został Gert-René Polli, oficer Biura Wywiadu Wojskowego. Następcą Pollego po jego rezygnacji w październiku 2007 r. został Peter Gridling, który wcześniej kierował EBT i był odpowiedzialny za analizy w dziedzinie terroryzmu w Europolu. Gridling był również szefem EBT. We wrześniu 2011 roku BVT przeniosła się ze swojego biura w budynku Ministerstwa Spraw Wewnętrznych przy Herrengasse do nowej siedziby w koszarach Rennweg w Wiedniu. W maju 2020 roku Johannes Freiseisen został mianowany tymczasowym Dyrektorem Zarządzającym.