W 1997 został wybrany największą w kraju liczbą głosów do Izby Deputowanych. W 2002 złożył mandat (w proteście przeciw oskarżaniu o terroryzm chłopów buntujących się przeciw niepopularnym działaniom rządu). W tym samym roku zajął drugie miejsce w wyborach prezydenckich zdobywając 22% głosów. W kolejnych latach Morales uczestniczył w kampaniach politycznych i chłopskich protestach przeciwko neoliberalnym rządom i prezydentowi, które doprowadziły do przedterminowych wyborów.
W kampanii wyborczej w 2005 obiecywał ubogim masom (w większości indiańskim chłopom) zmianę niepopularnej polityki poprzednich władz, rezygnację ze wspieranej przez USA kontrowersyjnej akcji likwidowania upraw koki i poprawę sytuacji boliwijskiej biedoty.
Prezydent Boliwii thumb|Evo Morales i prezydent Brazylii Luiz Inácio Lula da Silva (2006) thumb|Od prawej: prezydent Chile Michelle Bachelet, Evo Morales, prezydent Brazylii Luiz Inácio Lula da Silva i prezydent Wenezueli Hugo Chávez (2006) thumb|prezydent Iranu Hasan Rouhani i Evo Morales (2015) thumb|Evo Morales i prezydent Rosji Władimir Putin (2019) 18 grudnia 2005 wygrał wybory prezydenckie, zdobywając 54% głosów.