W Areszcie Centralnym panowały bardzo złe warunki bytowe i sanitarne, co przekładało się na wysoką śmiertelność wśród więźniów. W listopadzie i grudniu 1941 roku na jego terenie odbyły się dwie egzekucje Żydów, których schwytano, gdy bez zezwolenia przebywali po „aryjskiej stronie”. Wielu więźniów rozstrzelano także w innych miejscach straceń. Podczas wielkiej akcji deportacyjnej latem 1942 roku więźniowie Aresztu Centralnego zostali jako jedni z pierwszych wywiezieni do obozu zagłady w Treblince.
Utworzenie Aresztu Centralnego Na przełomie 1940 i 1941 roku niemiecki Sąd Specjalny w Warszawie (niem. Sondergericht Warschau) znacznie zaostrzył kary wymierzane Żydom oskarżonym o różne wykroczenia przeciw okupacyjnemu porządkowi. Coraz częściej skazanym wymierzano wyroki bezwzględnego pozbawienia wolności, a oskarżeni zasadniczo stracili możliwość odpowiadania z wolnej stopy. W konsekwencji znacznie wzrosła liczba Żydów przetrzymywanych w warszawskich więzieniach i aresztach: Pawiaku, areszcie śledczym przy ul. Daniłowiczowskiej i więzieniu mokotowskim.