Wojnarowicz odniósł zwycięstwo w procesie, który wytoczył przeciwko American Family Association.
Od 1990 r. Wojnarowicz wykładał na Uniwersytecie Stanowym w Normal w stanie Illinois oraz na Uniwersytecie Artystycznym w Pensylwanii.
Zmarł 22 lipca 1992 r. w Nowym Jorku z powodu powikłań wynikających z AIDS w obecności Rauffenbarta i siostry Pat. Po jego pogrzebie odbył się w East Village marsz pod hasłem DAVID WOJNAROWICZ, 1954-1992, ZMARŁ NA AIDS Z POWODU ZANIEDBAŃ RZĄDU. Wojnarowicz chciał, by jego ciało porzucić na schodach dowolnego budynku rządowego. Nawiązując do ostatniej woli, Rauffenbart dołączył do akcji ACT UP, w ramach której w 1996 r. rozrzucił część jego prochów na trawnik Białego Domu, wcześniej pozostałe ich części rozsypano w Paryżu, Nowym Orleanie, Meksyku i na Christopher Street w Nowym Jorku.
Jego prace znajdują się m.in. w zbiorach Museum of American Art w Nowym Jorku i Walker Art Center w Minneapolis. W 2018 r. odbyły się: poświęcona mu retrospektywa w nowojorskim Whitney Museum of American Art oraz wystawa w galerii Loewe w Madrycie, a w 2019 r. wystawa w w Berlinie.