W 1994 roku po zdymisjonowaniu Alfio Basile został powołany na stanowisko selekcjonera reprezentacji Argentyny. Już na początku kadencji wydał oświadczenie, w którym zapowiadał regularne przeprowadzanie badań antynarkotykowych wśród swoich zawodników. Wiele kontrowersji wywołała kolejna wypowiedź szkoleniowca, w której stwierdził, że nie widzi miejsca w reprezentacji dla zawodników z długimi włosami. Fernando Redondo, dotąd podstawowy zawodnik kadry, kiedy nie zgodził się na obcięcie włosów, nie został powołany na Mundial 1998. Argentyńczycy na mistrzostwach doszli do ćwierćfinału, w którym przegrali z Holandią. Po turnieju Passarella podał się do dymisji.
Przez półtora roku był selekcjonerem reprezentacji Urugwaju. Mimo iż zapowiadał, że jest w stanie przywrócić drużynie "Urusów" utracony blask, to szybko, po konflikcie z szefami związku, zrezygnował z posady. Jeszcze gorzej wiodło mu się we włoskiej Parmie. Na przełomie listopada i grudnia 2001 roku przegrał z nią pięć kolejnych meczów i został zwolniony.
Przez kolejne trzy lata pracował w Meksyku, gdzie z klubem CF Monterrey udało mu się w 2003 roku wywalczyć mistrzostwo kraju.