Konserwacja zabytkowych sarkofagów rozpoczęła się dziesięć lat później. Prace rozpoczęto od wykonania otworu w posadzce kościoła i odsłonięcia zamurowanego okna krypty, które miało służyć jako droga wydobywania poszczególnych trumien. W 2006 r. prof. Wiesław Barabasz z Krakowa wykonał badania mikrobiologiczne i mykologiczne, następnie kryptę odgrzybiono i zdezynfekowano w celu zapewnienia bezpieczeństwa konserwatorom zabytków. W celu usystematyzowania prac sarkofagom nadano numery od 1 do 13. O kolejności wydobycia znalezisk i poddaniu pracom konserwatorskim decydował stan zachowania obiektu. Jako pierwszy wyjęto sarkofag nr 12.
Krypta kościoła Wszystkich Świętych w Pszczynie nosi ślady wielokrotnych rabunków i plądrowania. Trumny i szczątki ludzkie były poprzemieszczane, co dodatkowo utrudniło pracę konserwatorom zabytków i antropologom. Stan obecnej wiedzy (2023) potwierdza, że zostali tam pochowani: Erdman I Leopold von Promnitz, Weighardt von Promnitz, Urszula von Schaffgotsch, Anna Maria von Promnitz, Zygfryd II von Promnitz, Joanna von Promnitz oraz pięcioro dzieci z rodu von Promnitz, nieznanych z imienia.