Od początku wziął czynny udział w powstaniu, najpierw w Poznaniu, a następnie na południu Poznańskiego, walcząc na czele zorganizowanego przez siebie batalionu strzelców pleszewskich, z którym m.in. wyzwolił Ostrów Wielkopolski. Zorganizował 8 wielkopolski pułk piechoty (przemianowany w 1920 na 62 pułk piechoty wielkopolskiej). Początkowo dowodził w nim I batalionem, następnie całym pułkiem.
W 1919 przystąpił do organizacji Grudziądzkiego pułku strzelców. Pułkiem, w międzyczasie przemianowanym na 64 Grudziądzki pułk piechoty, dowodził do 28 października 1921. Walczył z bolszewikami nad Bugiem. W składzie 16 Dywizji Piechoty brał udział w bitwie warszawskiej.
W październiku 1921 został powołany na roczny kurs doszkolenia w Wyższej Szkole Wojennej w Warszawie. W 1922 po ukończeniu kursu otrzymał tytuł oficera Sztabu Generalnego i przydzielony został do Biura Ścisłej Rady Wojennej na stanowisko referenta w Oddziale IIIa. W okresie tym miał również mniej znany epizod jego życia – występy w drużynie piłkarskiej Polonii Bydgoszcz (na pozycji lewoskrzydłowego). mały|261x261px|płk Ludwik Bociański - 1939 r. Od lutego 1924 roku zajmował stanowisko szefa Wydziału Wywiadowczego Oddziału II-go Sztabu Generalnego.