W czerwcu 1888 Marie zaręczyła się z Robertem Hirschsprungiem, kuzynem przyjaciółki z dzieciństwa, Idy Hirschsprung, synem Pauline i Heinricha Hirschsprungów. Prawdopodobnie to chorujący na depresję mężczyzna niedługo potem zerwał zaręczyny. mały|356x356px|P.S. Krøyer, Letni wieczór na plaży w Skagen: Anna Ancher i Marie Krøyer na spacerze, 1893 W 1887 Marie po raz pierwszy pojechała do Skagen, ale nie zachowały się informacje o powstałych wówczas jej dziełach. W grudniu 1888 udała się do Paryża, gdzie wiosną 1889 wraz z Anną Ancher zaczęła naukę w pracowni Pierre’a Puvisa de Chavannesa. Ancher, Dunka ze Skagen, stała się przyjaciółką Marie na całe życie. Marie Krøyer uczyła się również w pracowniach Gustave’a Courtois oraz Alfreda Philippe’a Rolla, odkrywając impresjonizm i realizm, które silnie wpłynęły na jej styl malarrstwa. Była jedną z pierwszych kobiet, które miały wystawę w Den Frie Udstilling w 1891.