W 1704 r. stany siedmiogrodzkie obwołały go księciem Siedmiogrodu, a w 1705 r. przez sejm zwołany w Szécsény został ogłoszony księciem Węgier. Podjąwszy tworzenie regularnej armii, w 1707 r. na sejmie w Ónod wystąpił z wnioskiem o detronizację Habsburgów w Królestwie Węgierskim i ogłosił proklamację niepodległości Węgier. We wrześniu tego samego roku doprowadził do podpisania w Warszawie sojuszu węgiersko-rosyjskiego, chociaż ostatecznie nie przyjął rosyjskiej propozycji objęcia tronu polskiego po Stanisławie Leszczyńskim.
Rok 1707 był okresem szczytowym powstania Rakoczego. Klęska w bitwie pod Trenczynem (1708), w której osobiście dowodził, i kolejne przegrane bitwy doprowadziły do upadku powstania. Rakoczy musiał ponownie uchodzić do Polski. Pertraktacje z carem Piotrem I Wielkim, prowadzone początkowo przez Bercsényiego, a następnie (od lutego 1711 r.) przez samego Rakoczego nie przyniosły pozytywnych rezultatów. Po klęsce powstania i odmowie uznania pokoju szatmarskiego z 1711 r., zmuszony udać się na emigrację (choć wcześniej cesarz obiecywał mu amnestię i zwrot skonfiskowanych dóbr rodowych). Przebywał w Polsce, Francji i wreszcie w Turcji, gdzie zmarł.