W tymże okresie (1308–1313) nakazał również dokonanie 49 (z ogólnej liczby 69) ekshumacji połączonych z paleniem zwłok zmarłych oskarżonych o kataryzm. Wydał również 22 nakazy spalenia domostw, w których podejmowano gościną katarów lub były miejscem odprawienia Consolamentum. Innymi karami stosowanymi przez niego były m.in. więzienie (zastosowane w stosunku do 308 osób), zaliczenie aresztu na poczet kary (139 osób), ekskomunika nałożona na zbiegłych (40 osób). Udział kobiet w ogólnej ilości przesłuchanych przez Bernarda Gui wynosił ok. 40%, a wśród osób, które skazał ok. 46%.
Uchodził za bezlitosnego; w napisanym przez niego Podręczniku inkwizytora pochwala stosowanie tortur nie tylko wobec oskarżonych, ale także wobec świadków.
W swoim dziele zwraca on jednakże uwagę na fakt, że zeznania przesłuchiwanych były częściowo dopasowywane do założeń, jakie przyjmowali śledczy w toku dochodzenia. Z jednej strony chciał bowiem zlikwidować bonhommes, z drugiej natomiast zastraszyć sprzyjających im mieszkańców Langwedocji. Jego działania doprowadziły do zahamowania odrodzenia katarskiego w XIV wieku (rozbicie grupy Autierów w 1312).