Systematyka thumb|left|Monodelf rdzawoboczny, z którym monodelf kapturowy był niegdyś mylony Nowy gatunek opisany został w 1914 przez Wilfreda Osgooda pod nazwą Peramys palliolatus. Jako miejsce typowe autor podał San Juan de Colón w stanie Táchira w Wenezueli. Dokładne współrzędne to . Holotyp, czaszkę i skórę dorosłego samca, oznakowano FMNH 20524. Później jednak gatunek włączono w monodelfa rdzawobocznego, z którego go później wydzielono.
Należy do rodzaju monodelf, najzasobniejszego w gatunki w swej rodzinie, w którym wyróżnia się szereg podrodzajów. Monodelf kapturowy zalicza się do podrodzaju Monodelphis wraz z następującymi gatunkami: Monodelphis arlindoi, M. brevicaudata, M. domestica, M. glirina, M. sanctaerosae, M. touan. W przeszłości zaliczano go do gatunku monodelf rdzawoboczny jako jeden z jego podgatunków. W 1958 Cabrera podawał trzy podgatunki monodelfa rdzawobocznego – nominatywny, M. brevicaudata palliolata i M. b. orinoci. Uznanie monodelfa kapturowego za osobny gatunek zaproponowali Voss i inni w 2021, uzasadniając to różnicami w ubarwieniu futra i owłosieniu ogona.