W 1483 r. uwięził Ferdynanda, księcia Braganzy. Po tym wydarzeniu jego żona, dzieci i, mimo zakazu opuszczania królestwa, brat uciekli do Kastylii. Król zorganizował trybunał, który postawił księciu 22 zarzuty. Cała sprawa trwała 22 dni, po tym czasie trybunał zarządził karę śmierci dla Ferdynanda, którą wykonano 20 czerwca 1483 r.
W tym samym roku zawiązał się spisek przeciwko Janowi, na którego czele stał Diogo, książę Viseu oraz biskup Évory, Garcia de Menzes. Książę Viseu postanowił pomścić zamordowanie księcia Braganzy oraz ogłosił się wybawicielem z tyranii króla Portugalii. Władca został poinformowany o spisku przez brata kochanki biskupa oraz przez brata jednego ze spiskowców. 23 sierpnia 1484 r. król wezwał do Setúbal buntującego się poddanego i zamordował go przy użyciu sztyletu. Po tym wydarzeniu król nakazał aresztowanie wszystkich biorących udział w spisku. Do więzienia trafił m.in. drugi organizator spisku, wraz ze swoim bratem. Garcia de Menzes nie dożył osądzenia, gdyż zmarł w lochu wskutek spożycia trucizny.