Niedługo przed aresztowaniem Roman Załuski wsparł znajdującego się w trudnej sytuacji materialnej polskiego poetę romantycznego, Antoniego Malczewskiego, starając się skutecznie o jego zatrudnienie w biurach komisji rządowej spraw wewnętrznych Królestwa Polskiego.
W marcu 1826 roku Załuski został aresztowany (w pałacu Krasińskich) w śledztwie dotyczącym kontaktów Towarzystwa Patriotycznego z dekabrystami. Aresztu dokonał osobiście wiceprezydent Warszawy Mateusz Lubowidzki w asyście policji. W roku 1828 został uniewinniony przed Sądem Sejmowym z zarzutu „styczności” ze zbrodnią stanu. Na 37 głosujących, jedynie Feliks Czarniecki uznał winę Załuskiego. Mury więzienia karmelickiego hrabia mógł opuścić jednak dopiero po zatwierdzeniu wyroku przez cara Mikołaja I i odczytaniu go na ostatniej sesji Sądu Sejmowego, co nastąpiło w dniu 16 marca 1829 roku.