Sam Pius IX przed i po wybuchu powstania przychylnie odnosił się do Polaków. Odmówił ambasadorowi Rosji w Rzymie, który starał się o zakazanie śpiewania w kościołach polskich pieśni patriotycznych. W czasie powstania zwrócił się o pomoc dla powstańców do cesarza Austrii Franciszka Józefa I i cesarza Francuzów Napoleona III oraz innych wpływowych postaci, podkreślając prześladowania polskich katolików w zaborze rosyjskim oraz zrozumienie do dążenia Polaków do suwerenności. We wrześniu 1863 nakazał odprawić na Watykanie publiczne modlitwy w intencji Polaków.

Pius IX podtrzymując tradycyjne stanowisko, lawirował jednak pomiędzy legitymizmem, a prywatnymi sympatiami do Polaków. Wybuch powstania uważał za duży błąd. Na prywatnej audiencji udzielonej 28 stycznia 1863 (sześć dni po wybuchu powstania) przedstawicielowi Rządu Narodowego Ludwikowi Orpiszewskiemu potępił wybuch powstania, jednak nigdy nie uczynił tego publicznie, mimo nacisków rosyjskiej dyplomacji. Nigdy także publicznie nie poparł powstania.