Historia Bęsia jest to wieś położona na Warmii, która wcześniej funkcjonowała jako wieś pruska i jej nazwa jest tego pochodzenia, pierwszy raz wzmiankowana w 1379. Jako biskupia wieś czynszowa lokowana była 13 grudnia 1389 na 70 włókach. Z wymienionej powierzchni 7 włók przeznaczone było na uposażenie sołtysa i 4 włóki na uposażenie kościoła parafialnego. Zasadźcą wsi był Mikołaj Lengemann. W 1397 wybudowano tu młyn, a w 1399 karczmę.
Kościół w Bęsi należał do archiprezbiteratu biskupieckiego. Kościół ten został zniszczony wraz z całą wsią w czasie wojny polsko-krzyżackiej 1519-1521. Kościół w Bęsi nie został już odbudowany, a mieszkańcy wsi korzystali później z kościoła parafialnego w Kolnie.
Zniszczona wieś wraz z młynem, już jako majątek lenny na prawie magdeburskim, sprzedana została 8 sierpnia 1527 przez biskupa warmińskiego Maurycego Ferbera szlachcicowi z Mazowsza Stanisławowi Ozarowi. Ten jednak nie zdołał zagospodarować wsi. Majątek został odkupiony przez burgrabiego z Reszla Krzysztofa Wantkowa. Od 12 grudnia 1647 właścicielem Bęsi był szlachcic Jan Bika. W latach 1720–1730 wybudowano tu barokowy pałac, a na skraju wsi stanął drewniany wiatrak.