Jednak wkrótce po tym Char i Czerwony Gundam znikają w tajemniczym zjawisku nazwanym Zeknova, co rozpoczyna poszukiwania prowadzone przez Zeon.
Niektóre postacie, które zginęły w oryginalnej osi czasu Wieku Kosmicznego, jak Challia Bull i Kycilia Zabi, przeżywają w tej alternatywnej wersji wydarzeń.
Fabuła Pięć lat po tym, jak Księstwo Zeonu wygrało Wojnę Jednoroczną, Amate Yuzuriha – licealistka mieszkająca w kolonii kosmicznej „Side 6” – spotyka Nyaan, uchodźczynię wojenną. To spotkanie wciąga Amate w serię wydarzeń, gdzie zarówno Księstwo Zeonu, jak i Policja Kosmiczna ścigają zaginionego Czerwonego Gundama, który ponownie się pojawia po pięciu latach nieobecności. Aby go schwytać, Zeon wysyła Xaviera Olivette’a w gMS-Ω GQuuuuuuX – prototypowym Gundamie przeznaczonym dla pilotów Newtype. Jednak podczas próby przechwycenia Czerwonego Gundama, Xavier rozbija się na kolonii kosmicznej i zostaje wyrzucony z kokpitu GQuuuuuuX-a. Amate wskakuje do kokpitu, kradnie GQuuuuuuX-a i pokonuje siły policyjne, umożliwiając Czerwonemu Gundamowi ucieczkę. GQuuuuuuX trafia w ręce Pomeranianów – podziemnej grupy mechaników biorących udział w bitwach klanów, czyli serii nielegalnych i ryzykownych pojedynków kombinezonów bojowych.