W 1855 roku został przeniesiony do Berlina na identyczne stanowisko, a już dwa lata później został członkiem sztabu IV Korpusu Amijnego w Magdeburgu. W 1859 roku, po awansie na podpułkownika (niem. Oberstleutnant), przeniesiono go na stanowisko szefa sztabu III Korpusu Armijnego w Berlinie, którego dowódcą był książę Fryderyk Karol. Funkcję tę pełnił do 1863 roku, kiedy awansował na pułkownika (niem. Oberst) i został tymczasowym dowódcą 41. Pułku Piechoty. Już rok później objął dowództwo nad 2. Brygadą Piechoty. Wraz z wybuchem wojny prusko-austriackiej, w stopniu generała majora (niem. Generalmajor), powrócił na stanowisko szefa sztabu III Korpusu, gdzie został głównym kwatermistrzem I Armii utworzonej na bazie tego Korpusu. Za udział w konflikcie został odznaczony Orderem Pour le Mérite i otrzymał stanowisko dowódcy 5 Dywizja Piechoty wraz z awansem na generała porucznika (niem. Generalleutnant). Po wybuchu wojny z Francją jego dywizja znalazła się pod rozkazami księcia Fryderyka Karola i odegrała kluczową rolę w bitwie pod Mars-la-Tour. W jej trakcie koń gen. von Stülpnagela został trafiony odłamkiem granatu, a sam generał został ranny w nogę. W kolejnych miesiącach kampanii uczestniczył w bitwie pod Beaune-la-Rolande oraz wspierał działania X Korpusu Armijnego.