Przedmiotem ochrony w obszarze są siedliska sasanki otwartej: (6510) niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris), (7120) torfowiska wysokie zdegradowane, lecz zdolne do naturalnej i stymulowanej regeneracji, (91D0) bory i lasy bagienne (Vaccinio uliginosi Betuletum pubescentis, Vaccinio uliginosi Pinetum, Pino mugo-Sphagnetum, Sphagno girgensohnii-Piceetum) i brzozowo-sosnowe bagienne lasy borealne.
Zajmujące ponad 7 ha w obszarze Myszynieckich Borów Sasankowych siedlisko 91D0 reprezentowane jest głównie przez zespół Vaccinio uliginosi Pinetum, tj. bór sosnowy bagienny, o średnim lub zubożałym stanie zachowania. Podczas sporządzania planu zadań ochronnych w 2017 roku oraz ekspertyzy oceniającej aktualność danych w zakresie wybranych siedlisk przyrodniczych w 2024 roku nie stwierdzono występowania siedlisk 6510 i 7120.
Podczas badań kontrolnych w późniejszych latach zidentyfikowano jednak siedlisko 7140, tj. torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z Scheuchzerio-Caricetea), obejmujące dwa płaty zdominowane jest przez zbiorowisko Eriophorum vaginatum-Sphagnum fallax (zespół torfowca kończystego z wełnianką pochwowatą).