Kryzys funkcjonowania opactwa przypadł na czasy reformacji. Problemy ekonomiczne oraz przejście części mnichów na protestantyzm spowodowało, iż klasztor stanął w obliczu kasaty. Udało się tego uniknąć dzięki zakwaterowaniu tu benedyktynów z , przekazanego w 1595 roku jezuitom. Na początku XVII wieku kompleks przebudowano. Klasztor został zniszczony przez wojska szwedzkie podczas wojny trzydziestoletniej, odbudowano go za kadencji opata Benedikta Wolfa w latach 1631–1661. Kolejna przebudowa miała miejsce w latach 1740–1792, pracowali tu tacy artyści jak , , , Ignaz Günther, i . W 1783 roku zainstalowano organy autorstwa . Ukończony klasztorny konsekrowano 30 września 1792, za czasów opata Gregora Schwaba.
W 1803 opactwo zostało rozwiązane. Majątek zlicytowano, a zbiory biblioteki przeniesiono do Monachium. Ostatni opat, Maurus Deigl, przeniósł się do Straubing, gdzie spisał trzytomową historię klasztoru. W 1805 część zabudowań została przejęta przez państwo, utworzono w nich więzienie, sąd i urząd skarbowy. W 1829 planowano rozbiórkę kościoła, lecz uznano ją za zbyt kosztowną. W 1869 prywatną część kompleksu zakupiły , które utworzyły tu macierzysty klasztor zakonu. Założyły tu szkołę realną (Realschule), akademię zawodową (Fachakademie) i szkołę dla nowicjuszek.