Wraz z postępującą centralizacją państwa i kontrolą przepływu informacji doszło do konfliktu z Kościołem katolickim, który zapewniał alternatywny dostęp do opieki zdrowotnej, edukacji oraz mobilizacji społecznej. Władze oskarżyły Kościół o wspieranie „oporu Hutu”. Kulminacją konfliktu było wydalenie misjonarzy oraz nacjonalizacja szkół katolickich w 1985 roku.
Kryzys reżimu i obalenie Bagazy Niepowodzenie władz w przeprowadzeniu realnych reform politycznych, gospodarczych i społecznych, a także prześladowania Kościoła katolickiego, doprowadziły do wzrostu niezadowolenia społecznego. Od 1984 roku sprzeciw ten był tłumiony przy użyciu coraz brutalniejszych metod, w tym aresztowań i tortur przeciwników rządu. Początkowe lata prezydentury Bagazy charakteryzowały się dużymi inwestycjami publicznymi finansowanymi z zagranicznych kredytów. Inwestycje te służyły głównie tworzeniu źródeł dochodu i patronatu dla elity Tutsi z Bururi, a nie długofalowemu rozwojowi gospodarczemu, przez co okazały się nietrwałe. W celu spłaty zadłużenia zagranicznego władze nałożyły wysokie podatki, które szczególnie dotknęły ludność cywilną. Pogarszająca się sytuacja praw człowieka doprowadziła do konfliktu z głównymi darczyńcami zagranicznymi Burundi, zwłaszcza Belgią i Francją.