Stosunkowo twardy, daje się zarysować szkłem, stalą zwykłą oraz stalą narzędziową. Współczynnik załamania światła zależny od składu chemicznego; najniższy posiada apatyt fluorowy, a najwyższy – chlorowy. Cienkie płytki posiadają pleochroizm barwy niebieskozielonej. Bywa mylony z berylem, fenakitem, kwarcem, kordierytem, ortoklazem, smithsonitem, nefelinem i milarytem. Niektóre apatyty z Kazachstanu wykazują efekt aleksandrytu, będąc żółtawo-zielone w świetle dziennym i różowawo-pomarańczowe w świetle żarowym.
Odmiany Sama nazwa używana jest obecnie do grupy minerałów, która różni się zawartością: fluoru – fluorapatyt, chloru – chlorapatyt, tlenu – oksyapatyt, grup hydroksylowych – hydroksylapatyt. W skład tej grupy wchodzą także: węglano-fluorapatyt i węglano-hydroksylapatyt. Najpowszechniejszą odmianą jest fluorapatyt. Występują odmiany gdzie jon fosforanowy zastępowany jest częściowo jonem siarczanowym, arsenianowym lub krzemianowym. Wapń może być zastąpiony np. manganem, strontem, uranem lub alkaliami.