Udział zespołów występujących w mistrzostwach Estonii był obowiązkowy.
W turnieju o Puchar Estonii 2025 wzięło udział 11 drużyn.
Mistrzostwa Estonii(5 drużyn)Audentes/SolarstonećwierćfinałBarrus Võru VKpółfinałBigbank TartufinałPärnu VKzwycięstwoSelver x TalTechpółfinał I Liiga(6 drużyn)Advokaadibüroo (AB) Premium/Rae vald1. rundaBMF/Rakvere VK1. rundaEesti Maaülikool (EMÜ)/EmbachćwierćfinałEstNor/KiilićwierćfinałStructura/Tartu vald1. rundaTallinna Ülikoolćwierćfinał
System rozgrywek Rozgrywki o Puchar Estonii 2025 składały się z 1. rundy, ćwierćfinałów, półfinałów oraz finału. Nie rozgrywano meczu o 3. miejsce. Przegrani ćwierćfinałów, z wyjątkiem drużyn występujących w sezonie 2025/2026 w mistrzostwach Estonii, kontynuowali rywalizację o tzw. Mały Puchar. We wszystkich rundach obowiązywał system pucharowy.
Drabinkę turniejową utworzono w drodze losowania, które odbyło się 17 września 2025 roku. Finaliści Pucharu Estonii 2024 zostali rozlosowani z numerami 1 i 2 do przeciwległych połówek drabinki, pozostałe zespoły biorące udział w mistrzostwach Estonii w sezonie 2024/2025 – z numerami 3 i 4, natomiast inne zgłoszone drużyny – z numerami 5-11. Zespoły rozlosowane z numerami 1-5 udział w rozgrywkach rozpoczęły od ćwierćfinalów, natomiast pozostałe drużyny – od 1.