Dostępne szczepionki różnią się liczbą i zestawem objętych nimi serogrup. Szczepionki jednowalentne chronią przed jedną serogrupą, najczęściej C, czterowalentne — przed czterema (zwykle A, C, W-135 i Y), a pięciowalentne — przed pięcioma. Szczepionki skierowane wyłącznie przeciw serogrupie B stanowią odrębną kategorię, ponieważ nie są oparte na polisacharydach otoczkowych, lecz na białkach powierzchniowych meningokoków; należą do nich szczepionki rekombinowane.
Dostępne są dwa główne typy szczepionek przeciw meningokokom innych niż grupa B: polisacharydowe, które wywołują krótkotrwałą odporność i nie są skuteczne u małych dzieci, oraz skoniugowane (połączone z białkiem nośnikowym), które zapewniają trwalszą odporność, działają skutecznie już od pierwszych miesięcy życia i dodatkowo ograniczają nosicielstwo bakterii w nosogardle, zmniejszając tym samym transmisję w populacji. W Polsce dostępne są skoniugowane szczepionki monowalentne przeciw serogrupie C, skoniugowane szczepionki przeciw serogrupom A, C, W-135 i Y oraz szczepionki białkowe przeciw serogrupie B. W zależności od preparatu szczepienie można rozpocząć już od 2. miesiąca życia, natomiast część szczepionek czterowalentnych podaje się od 12. miesiąca życia.