Następnie podjęła naukę w Liceum Ogólnokształcącym dla Dorosłych w Warszawie, gdzie w lipcu 1946 roku zdała egzamin maturalny.
W 1949 roku ukończyła Szkołę Nauk Politycznych przy Wydziale Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego, a w 1950 roku studia z zakresu filologii angielskiej na tej samej uczelni. Następnie w 1953 roku podjęła studia filmowe w Państwowej Wyższej Szkole Filmowej w Łodzi – dyplom Wydziału Reżyserii uzyskała w 1959 roku.
Po ukończeniu studiów związała się z polską kinematografią dokumentalną, w której pracowała przez niemal 40 lat. Zmarła 2 czerwca 1999 roku w Warszawie i została pochowana na cmentarzu Powązkowskim.
Twórczość Maria Kwiatkowska była jedną z przedstawicielek powojennego polskiego filmu dokumentalnego. Jej dorobek obejmuje 97 filmów dokumentalnych.
Jej twórczość wpisuje się w nurt polskiego dokumentu humanistycznego i nie jest publicystyczna. Nieszczególnie doceniana była na festiwalach filmowych, ale też nie podejmowała tematów, które mogłyby ją na nie zaprowadzić. Narrację opierała na portrecie bohatera, codzienności społecznej, historii i kulturze, doświadczeniu kobiet w różnych rolach społecznych.