W okresie wycofania z życia publicznego jego sekretarzem był Thomas Hobbes. W 1626 r. Bacon zaziębił się robiąc eksperymenty na śniegu i zmarł.
Głównym dziełem Bacona jest Novum Organum (1620). Sam tytuł wskazuje na to, że autor świadomie przeciwstawiał swój sposób pojmowania nauki, metody naukowej, takiemu ich rozumieniu, które legło u podstaw Organonu (zbioru prac z zakresu logiki) Arystotelesa. Innym ważnym utworem Bacona jest jego utopia — Nowa Atlantyda (1627).
Jego dzieło De dignitate et augmentis scientiarum libri ix umieszczone zostało w index librorum prohibitorum dekretem z 1668 roku.
Klasyfikacja nauk thumb|Bacon, Sylva sylvarum Bacon chcąc objąć w swoich dociekaniach cały zakres nauki, pojmowanej przez niego bardzo szeroko, dokonał przygotowawczego podziału nauk. Podzielił je na trzy grupy ze względu na odpowiadające im władze duszy. historia – pamięć (wszelki opis jednostkowych faktów) poezja – wyobraźnia filozofia – rozum (wszelkie poznanie ogólne – Bóg, przyroda, człowiek)
Bacon nie zajmował się obszernie istnieniem Boga, zakładając, że jest to sprawa wiary. Uważał, że poznanie Boga za pomocą filozofii jest niemożliwe.
Filozofia przyrody Bacon dokonuje dwóch podziałów filozofii przyrody.