Jego udział w koperskiej inwestycji trwał jednak krótko. W 1739 roku został odsunięty od kierowania budową z powodu zarzutów dotyczących sposobu prowadzenia robót; wraz z nim plac budowy opuścił jego syn Antonio Adam. Nadzór przejął następnie Domenico Bertini, a nawa została ukończona w 1742 roku.
W późniejszym okresie Martinuzzi działał przede wszystkim we Friuli. Zachowany projekt kościoła parafialnego św. Kancjana w Gonars jest pierwszym znanym samodzielnym projektem architekta. Świątynię wzniesiono w drugiej połowie XVIII wieku jako jednonawową budowlę z fasadą podzieloną czterema pilastrami i zwieńczoną trójkątnym frontonem. Została rozebrana w 1961 roku ze względu na zły stan techniczny.
Martinuzziemu przypisuje się również projekt XVIII-wiecznego kościoła św. Marii Magdaleny w Begliano. Budowla została konsekrowana w 1767 roku. Uczestniczył ponadto w realizacji innych obiektów sakralnych na obszarze Friuli, jednak część przypisań opiera się wyłącznie na podobieństwach formalnych i nie została jednoznacznie potwierdzona dokumentami archiwalnymi.