Na początku XIX wieku właścicielem wsi został Anton Forni, a następnie nabył ją baron Alexander von Prittwitz. Do 1816 roku Klisino należało do powiatu prudnickiego. W związku z reformą administracyjną, w 1816 Klisino zostało odłączone od powiatu prudnickiego i przyłączone do głubczyckiego. 3 maja 1921, po wykonaniu akcji „Mosty” w Racławicach Śląskich rozpoczynającej III powstanie śląskie, w Klisinie skryli się prudniccy powstańcy. Ostatnim przedwojennym właścicielem wsi był Johannes von Eiche-Polwitz. W styczniu 1945 przez Klisino przeszły kolumny więźniów niemieckich obozów koncentracyjnych. W toku tzw. „marszu śmierci” wiele osób zmarło lub zostało zamordowanych przez Niemców. W czasie II wojny światowej wieś została zajęta przez Armię Czerwoną około 24 marca 1945r. (w tym dniu zajęto Głubczyce).
W latach 1945–54 wieś należała i była siedzibą gminy Klisino. W latach 1954–1959 wieś należała i była siedzibą władz gromady Klisino, po jej zniesieniu w wyniku zmiany siedziby w gromadzie Szonów. Miejscowość uzyskała tytuł Najpiękniejszej Wsi Opolskiej w konkursie Piękna Wieś Opolska 2009Jan Wac, Klisino - najpiękniejsza wieś, w: Kalendarz Głubczycki 2010, Rada Miejska w Głubczycach, 2010, s. 36, ISSN 1231-4803.