Udało mu się to po dwukrotnym powtórzeniu roku, co było częstą praktyką we francuskim systemie edukacji, jeśli chodzi o dzieci które miały problemy w nauce. Udało mu się dostać do nowo powstałego internatu na poziomie gimnazjum College Preah Sihanouk w Kompong Cham.
W tym czasie wybuchła II wojna światowa, władzę nad Kambodżą zaczęła sprawować Francja Vichy. Pol Pot i jego rówieśnicy byli zmuszani w internacie do śpiewania pieśni ku czci marszałka Pétaina. Odmawiano też modlitwę, która była parodią modlitwy Ojcze Nasz, i w której wychwalano przywódcę Vichy.
Niedługo potem Tajowie zaczęli najeżdżać francuskie Indochiny. Sprawą postanowiło zająć się Cesarstwo Japońskie i nakazało Francji oddać Syjamowi większość terenów spornych. Ziemie Kambodży – prócz miasta Siem Reap i Angkor Wat – zostały opanowane przez Syjam. W Kambodży narodził się nacjonalizm, zaczęto wydawać gazetę „Nagaravattę”, która mniej więcej od 1940 roku przyjęła antykolonialny i antywietnamski charakter. Dochodziło do zamieszek, które nazwano „Rewoltą Parasoli”. Jednakże Pol Pot nie brał w niej udziału i prawdopodobnie nie był nawet jej świadkiem, choć przebywał wtedy w mieście, nie czytywał również Nagaravatty i podobnie jak jego znajomi, nie interesował się polityką.