Po wojnie miasto znalazło się w radzieckiej strefie wpływów.
W Merseburgu wielokrotnie zapadały ważne decyzje dla dziejów Polski: w 1002 roku odbył się tu zjazd, na który przybył Bolesław I Chrobry i następnie ledwo uszedł z życiem z próby zamachu podpisany był tu pokój kończący wojnę polsko-niemiecką w roku 1013, pozostawiający przy Polsce Milsko i Łużyce. Tego samego roku w Merseburgu Mieszko II poślubił Rychezę, córkę palatyna reńskiego Ezzona, szwagra Ottona III. Obecni byli zarówno Henryk II, jak i Bolesław I Chrobry. zjazd w Merseburgu w 1032–1033, w czasie którego Mieszko II uznał cesarza i zawarł z nim pokój kończący IV wojnę polsko-niemiecką zjazd w 1046 z udziałem cesarza Henryka III oraz książąt Polski Kazimierza Odnowiciela i Czech Brzetysława I, po którym w Miśni podpisano pokój między Polską a Czechami na zjeździe w 1135 r. hołd ze zdobytej ziemi zachodniopomorskiej z Rugią cesarzowi Lotarowi III złożył tu Bolesław III Krzywousty, uzyskując tym samym potwierdzenie jej przynależności do Polski.
1 stycznia 2009 przyłączono do miasta gminę Beuna (Geiseltal), a rok później gminę Geusa.