Mieszkańcy uciekli w kierunku Prudnika i Łąki Prudnickiej. Rosjanie ostrzelali wieżę kościoła zajętą przez żołnierzy niemieckich, a następnie go splądrowali. Dokonali mordów, gwałtów, grabieży i podpalili kilka domów.
Od marca do maja 1945 powiat prudnicki znajdował się pod kontrolą radzieckiej komendantury wojskowej. 11 maja 1945 polska administracja przejęła władzę cywilną w powiecie prudnickim. Wówczas w Niemysłowicach została osiedlona część polskich repatriantów z Kresów Wschodnich – z Puźnik koło Tarnopola na terenie obecnej Ukrainy. 4 czerwca 1945 do wsi przybył jej pierwszy polski sołtys – Adolf Jaworski. Wydał on zgodę na odprawianie nabożeństw po niemiecku dla pozostałych tu autochtonów. W lipcu Niemcy pracowali na żniwach pod nadzorem Rosjan, za co otrzymywali ziemniaki jako pożywienie. We wsi wybuchła epidemia tyfusu, w trakcie której zmarło 10 osób. 1 sierpnia 1945 Rosjanie nieoczekiwanie zlikwidowali swoją komendanturę w Niemysłowicach, jednak powrócili następnego dnia, by dokonać omłotu zboża. Nie byli jednak w stanie tego zrobić, ponieważ pas transmisyjny od młocarni został ukradziony. Tego samego dnia Polacy otrzymali konie, które wcześniej zabrano Niemcom.