Historia Napiwoda była jedną z wielu wsi w południowych Prusach, w której osadzali się polskojęzyczni chłopi z Mazowsza - Mazurowie. W 1436 była wsią czynszową. Szkoła powstała w latach 1737–1740. Funkcjonowało tu leśnictwo, chłopi zaś posiadali prawo chełmińskie. W 1721 król Prus, Fryderyk Wilhelm I, przejeżdżał konno przez Napiwodę.
13 czerwca 1812 żołnierze 15 włoskiej dywizji piechoty z IV korpusu, pod wodzą generała Domenico Pino, pozrywali wszystkie strzechy i dachy kryte słomą. Słoma z nich posłużyła im do wymoszczenia posłań i gotowania strawy. Skończyło się to doszczętnym spaleniem dziewięciu chłopskich zagród.
W 1858 Napiwoda miała 5378 mórg ziemi. W latach 1818, 1877, 1890 były kolejno: 30, 70 i 82 domy, mieszkały w nich 233, 549 i 653 osoby. W 1871 obok 504 ewangelików żyło 42 katolików i 3 żydów. W 1935 do czteroklasowej szkoły, zatrudniającej, 4 nauczycieli chodziło 191 dzieci. W 1939 Mieszkało w Napiwodzie 730 osób. Napiwoda posiadała swoją karczmę. Wszystkie rewiry leśne wymieniono w ustawie leśnej Fryderyka II, z 1775 r.
W 1945 wieś została włączona do Polski. Do 1954 roku siedziba gminy Napiwoda. W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Napiwoda.