Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 109.. Wieś wraz z folwarkiem wchodziła w 1662 roku w skład hrabstwa tęczyńskiego Łukasza OpalińskiegoJacek Pielas, Podział latyfundium Łukasza Opalińskiego, marszałka nadwornego koronnego z lat 1668–1670, w: Inter maiestatem ac libertatem. Studia z dziejów nowożytnych dedykowane Profesorowi Kazimierzowi Przybosiowi, red. J. Stolicki, M. Ferenc, J. Dąbrowski, Kraków 2010, s. 159..
Dawna prochownia na przeł. XVIII i XIX w. uległa zniszczeniu na skutek wybuchu. W latach 1815–1846 wieś położona była na terenie Wolnego Miasta Krakowa, potem w zaborze austriackim. W czasie II Rzeczypospolitej wieś należała do powiatu chrzanowskiego w województwie krakowskim.
W 1818 r. powstała szkoła w Nawojowej Górze. Inicjatorem i organizatorem tego przedsięwzięcia był ks. Jan Chorąży, ówczesny wikariusz parafii Rudawa. Nauka prowadzona była w pomieszczeniach karczmy w środku wsi. W 1911 r. wybudowano nowy budynek szkolny.