Wskutek II rozbioru Polski w 1793 wieś przeszła pod władanie Prus i jak cała Wielkopolska znalazła się w zaborze pruskim. W okresie Wielkiego Księstwa Poznańskiego (1815–1848) wzmiankowane jest Ptaszkowo wielkie i małe, które należały do wsi większych w ówczesnym powiecie bukowskim, który dzielił się na cztery okręgi (bukowski, grodziski, lutomyślski oraz lwowkowski). Ptaszkowo wielkie i małe należały do okręgu grodziskiego i stanowiły część majątku Ptaszkowo wielkie, którego właścicielem był wówczas Adam Żołtowski. W skład tego majątku wchodziły ponadto Urbanowo stare i nowe. Według spisu urzędowego z 1837 roku Ptaszkowo wielkie liczyło 192 mieszkańców i 27 dymów (domostw), natomiast Ptaszkowo małe liczyło 216 mieszkańców i 29 dymów.
Od 1973 roku na terenie kombinatu PGR w Ptaszkowie znajdowała się ekspozycja prezentująca miniatury takich zabytków jak m.in. Wawel, Belweder, Łazienki, Gołuchów, Rogalin.