Opis Rękopis sporządzony został w formie kodeksu. Foliały stanowione są przez pojedyncze zgięte karty (folios). Oryginalny rękopis zawierał tekst Ewangelii Jana na 78 papirusowych kartach (w 39 foliałach), z których zachowało się 75. Ponadto zachowało się 39 niezidentyfikowanych fragmentów pochodzących prawdopodobnie z tego rękopisu. Rozmiary kart wynoszą 14,2 na 16,2 cm a ich format jest zbliżony do kwadratu. Tekst pisany jest jedną kolumną na stronę, w 14–25 linijkach na stronę. Atrament ma brunatny kolor.
26 jego pierwszych kart rękopisu zachowanych zostało w stanie nienaruszonym, co jest rzadkością. W najgorszym stanie zachowała się partia z tekstem Jana 14-21. Papirus Bodmer II jest najlepiej zachowanym wczesnym papirusowym rękopisem Nowego Testamentu. Kondycja rękopisu jest zaskakująco dobra, ponieważ nigdy przedtem nie odkryto tak wczesnego rękopisu w tak dobrym stanie. Kodeks zawiera następujące teksty Ewangelii Jana: 1,1-6,11; 6,35b-14,26.29-30; 15,2-26; 16,2-4.6-7; 16,10-20,20.22-23;