W roku 1567 całe Mołodeczno przeszło na własność kniahini Nastazji Zbaraskiej, córki kniazia Michała Iwanowicza Mścisławskiego.
W 1567 roku w Mołodecznie odbyły się wstępne rozmowy przedstawicieli Wielkiego Księstwa Litewskiego i Korony Królestwa Polskiego, dotyczące warunków późniejszej unii lubelskiej w 1569 roku.
Według dokumentów w roku 1617 właścicielem Mołodeczna był kanclerz wielki litewski Lew Sapieha, który 20 sierpnia 1621 roku sprzedał dobra Stanisławowi Szemiotowi, podkomorzemu żmudzkiemu. Testamentem Stanisław Szemiot podzielił dobra mołodeczańskie między swoich usynowionych bratanków, synów Wacława Szemiota, z zastrzeżeniem, że spadek ma pozostać w ich rękach pod groźbą utraty dóbr na rzecz rodu Paców. Wacław Szemiot według testamentu otrzymał dożywotnie użytkowanie z zakazem sprzedaży ziemi. Mimo zakazu 16 stycznia 1628 roku Wacław sprzedał dobra mołodeczańskie wojewodzie smoleńskiemu Aleksandrowi Korwinowi Gosiewskiemu za sumę 87 825 złotych polskich, co wywołało długoletni proces sądowy: 18 listopada 1652 roku potomkowie Stanisława Szemiota wnieśli pozew przeciwko Gosiewskim o niesłuszne nabycie dóbr mołodeczańskich.