Podczas kampanii wrześniowej 1939 roku był komendantem parku amunicyjnego Głównej Składnicy Uzbrojenia Nr 2 podczas obrony Warszawy. Od września 1939 działał w konspiracji. Występował często w czasie okupacji w kobiecym przebraniu i posługiwał się dokumentami na nazwisko Maria Wysocka, a mieszkał jako sublokator przy ul. Rakowieckiej 39a. W konspiracji był także współzałożycielem i przywódcą organizacji „Gwardia Ludowa”, która została utworzona na początku października 1939. Po jej połączeniu z Komendą Obrońców Polski był komendantem Okręgu Warszawa KOP od połowy października 1939, a w maju 1940, po śmierci mjr. Bolesława Studzińskiego „Bohdana Noteckiego”, objął stanowisko Komendanta Głównego KOP. Wchodził również w skład redakcji wydawanego już od 10 października 1939 pisma „Polska Żyje”, centralnego organu KOP. Według Michała Wiśniewskiego Borucki 14 września 1940 w przebraniu kobiecym uczestniczył w zbrojnym starciu z gestapowcami w lokalu kontaktowym KOP przy ul. Lwowskiej 1, natomiast według Tomasza Strzembosza tą kobietą była Helena Kołacińska. 16 stycznia 1941 został aresztowany w mieszkaniu przy ul. Rakowieckiej 39a i przesłuchiwany w siedzibie Gestapo w alei Szucha, a w kwietniu osadzony na Pawiaku z którego zbiegł 3 marca 1942 razem m.in. z Tadeuszem Szpotańskim i mjr.