Zamożny (pomagała mu cesarzowa Eugenia, bo po ciotce Matyldzie, popierającej brata w czasie sporu Wiktora z Plonplonem, nie odziedziczył ani grosza), przyjmowany chętnie na belgijskim dworze królewskim Wiktor zakochał się z wzajemnością w córce Leopolda II belgijskiego, Klementynie (1872–1955), ale król nie chciał narażać córki na niepewne losy małżonki pretendenta i do końca życia nie udzielił zezwolenia na ślub. Niemłodzi już zakochani pobrali się dopiero 14 listopada 1910 roku, po śmierci Leopolda i osiedli koło Brukseli. Mieli dwoje dzieci, syn ich Napoleon Ludwik Hieronim Bonaparte (1914–1997) został po śmierci ojca głową rodu.
W 1914 Napoleon Wiktor zgłosił się na ochotnika do armii francuskiej, ale ze względu na prawo o banicji nie przyjęto go, po czym przeniósł się wraz z żoną i dziećmi, uciekając przed niemiecką inwazją Belgii, do Farnborough Hill, angielskiej rezydencji cesarzowej Eugenii, po której odziedziczył Farnborough w 1920 roku. Ostatnie lata życia spędził na porządkowaniu bogatych zbiorów pamiątek bonapartystowskich odziedziczonych po przodkach, dla których stworzył małe muzeum w Brukseli. Nigdy więcej nie ujrzał Francji i zmarł w Brukseli.