W 1589 roku był sygnatariuszem ratyfikacji traktatu bytomsko-będzińskiego na sejmie pacyfikacyjnymCodex diplomaticus Regni Poloniae et Magni Ducatus Lituaniae, wydał Maciej Dogiel, t. I, Wilno 1758, s. 239.. Był stałym doradcą Jana Zamoyskiego. Dzięki jego protekcji otrzymał buławę polną koronną, a w 1590 został kasztelanem lwowskim. W 1595 uczestniczył u boku Zamoyskiego w wyprawie do Mołdawii dla osadzenia na tamtejszym tronie polskiego lennika Jeremiego Mohyły. Wziął udział w pierwszej bitwie pod Cecorą. W 1596 stłumił powstanie Semena Nalewajki, przy czym w niejasnych okolicznościach doszło do wymordowania kozackich jeńców Sam Żółkiewski tłumaczył to zajście niesubordynacją wojska. Faktem jest też, że hetman obiecał kapitulującemu Nalewajce darowanie życia, zaś ten później został skazany na śmierć – co odbyło się za zgodą króla Zygmunta, a wbrew Żółkiewskiemu..
W 1597 na miejscu wsi Winniki, wzorując się na Zamoyskim założył miasto Żółkiew, które stało się siedzibą rodu.