Z powodu wspomnianych problemów zdrowotnych Kimballa i Romneya, Hinckley występował w tym okresie często jako pełniący obowiązki prezydenta Kościoła.
Po śmierci Kimballa w listopadzie 1985 stanowisko prezydenta Kościoła objął Ezra Taft Benson, który powołał Hinckleya na stanowisko pierwszego doradcy w Radzie Prezydenta Kościoła. Pod koniec życia Bensona Hinckley ponownie wykonywał obowiązki prezydenta; zachował stanowisko pierwszego doradcy po wyborze nowego prezydenta Howarda Huntera w 1994. Jako najstarszemu po prezydencie Kościoła członkowi Rady Dwunastu Apostołów Hinckleyowi przysługiwał jednocześnie tytuł przewodniczącego tego grona, ale ze względu na jego pracę w Radzie Prezydenta Kościoła obowiązki przewodniczącego Rady Dwunastu Apostołów pełnił Boyd Packer.
W marcu 1995 Gordon Hinckley objął funkcję prezydenta Kościoła Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich. Znany jest m.in. z działań na rzecz budowy nowych świątyń – w okresie pełnienia przez niego funkcji głowy Kościoła liczba świątyń mormońskich na świecie wzrosła z 27 do 122. Prowadził również działania edukacyjne. W czerwcu 2004 został odznaczony przez George'a W. Busha Prezydenckim Medalem Wolności. Otrzymał szereg doktoratów honoris causa, m.in.